91ÊÓÆ”

Teoretisk kemi

Teoretisk kemi är ett forskningsfält som omfattar utveckling och användning av teoretiska metoder för att lösa kemiska problem med hjälp av datorer. Dessa metoder kan användas för att tolka och komplettera experimentella studier, men kan i vissa fall även ersätta traditionella laboratorieförsök helt och hållet.  

Det finns flera fördelar med att angripa kemiska problem pÄ detta sÀtt. Exempelvis bidrar teoretiska studier med tydliga kvantitativa mÄtt pÄ de kemiska egenskaper man önskar undersöka, samtidigt som de i mindre utstrÀckning Àn experimentella studier begrÀnsas av praktiska faktorer sÄsom kostnader och tillgÄng till utrustning.

Precis som olika experimentella tekniker Àr bÀst lÀmpade för att lösa olika kemiska problem har metoderna inom fÀltet specifika egenskaper som gör dem mer eller mindre tillÀmpbara för en given frÄgestÀllning. Metoderna utvecklas i regel ur en grundlÀggande fysikalisk teori, som omsÀtts i ekvationer. Dessa ekvationer Àr oftast alltför komplicerade för att direkt kunna lösas med papper och penna, varför man istÀllet anvÀnder datorer och löser dem numeriskt med hjÀlp av datorprogram. De enorma framsteg som gjorts inom fÀltet under de senaste Ärtiondena kan till stor del tillskrivas den dramatiska utvecklingen inom IT-omrÄdet under samma period.

I vÄr egen forskning inom fÀltet intresserar vi oss frÀmst för frÄgestÀllningar inom fotokemi, med speciellt fokus pÄ molekylÀra maskiner, fotokemiska reaktionsmekanismer, fotosensoriska proteiner, molekylÀra egenskaper och enzymkatalys.

MolekylÀra maskiner

MolekylÀra motorer Àr molekyler som pÄ ett kontrollerat sÀtt omvandlar energi frÄn en yttre kÀlla till riktad mekanisk rörelse sÄsom rotation kring en kemisk bindning. Om vi gör en analogi med en vanlig bilmotor Àr den tillförda energin motorns brÀnsle och rotationen den rörelse som erhÄlls dÄ brÀnslet omsÀtts. Att konstruera och för praktiska ÀndamÄl anvÀnda motorer av molekylÀr storlek Àr dock förknippat med stora utmaningar. Trots det utgör fÀltet en starkt vÀxande gren av nanotekniken inom vilket avsevÀrda landvinningar gjorts under senare Är. Som illustration kan nÀmnas att det numer finns ett flertal molekylÀra motorer som klarar av att rotera miljontals varv per sekund nÀr de "simmar" fritt i ett kemiskt lösningsmedel, och att vissa av dem visat sig kunna rotera mikrometerstora objekt fullt synliga för det mÀnskliga ögat. Det rÄder alltsÄ inget tvivel om att dessa system verkligen har potential för konkreta, tekniska tillÀmpningar.

För att fullt ut förverkliga denna potential och effektivt utnyttja molekylÀra motorer som kraftkÀllor i olika sammanhang, Àr det emellertid nödvÀndigt att dels kontinuerligt utveckla nya motorer med bÀttre prestanda, dels hitta nya sÀtt att integrera motorerna i de system som skall tillhandahÄlla den önskade funktionen. I det senare fallet kan det exempelvis röra sig om motorer som skall driva s.k. nanobilar för kontrollerad transport av molekyler lÀngs ytor. Den stora utmaningen Àr att bibehÄlla motorernas lösningsmedelsprestanda Àven nÀr de samspelar med övriga komponenter i systemet. I vÄr forskning arbetar vi med ovanstÄende frÄgestÀllningar genom att anvÀnda ett brett spektrum av metoder inom teoretisk kemi, frÄn kvantkemiska berÀkningar till molekyldynamiksimuleringar i elektroniskt exciterade tillstÄnd.

Fotokemiska reaktionsmekanismer

Vi utforskar fotokemiska reaktionsmekanismer inom organisk kemi och biokemi. Medan en "vanlig" kemisk reaktion induceras av vÀrme och involverar molekyler vars elektroniska energier Àr sÄ lÄga som möjligt (molekylerna befinner sig i grundtillstÄndet), sÄ startas en fotokemisk reaktion genom upptag av ljusenergi och involverar molekyler som under delar av reaktionen befinner sig i ett exciterat tillstÄnd med högre elektronisk energi Àn grundtillstÄndet. I vÄr forskning klargör vi i detalj, pÄ atomÀr och elektronisk nivÄ, exakt hur fotokemiska reaktioner sker genom att modellera möjliga reaktionsvÀgar och tillstÄnd med kvantkemiska metoder och molekyldynamiksimuleringar.

Fotosensoriska proteiner

Fotosensoriska proteiner Àr ljuskÀnsliga proteiner som fungerar som en slags signalsystem och finns i alla organismer, frÄn bakterier till dÀggdjur. Deras uppgift Àr att kÀnna av ljuset i omgivningen, och sedan omsÀtta ett fysiologiskt gensvar som stÄr i lÀmplig proportion till rÄdande ljusförhÄllanden. Ett klassiskt exempel pÄ detta fenomen Àr vÀxters vÄrblomning, som sker först nÀr dagsljuset Àr tillrÀckligt starkt och lÄngvarigt. En huvudtyp av fotosensoriska proteiner som vi speciellt intresserar oss för Àr s.k. fytokromer, som Àr aktiva i det röda vÄglÀngdsomrÄdet och bl.a. förekommer i just vÀxter.

VÄr forskning kring fytokromer har tvÄ huvudsyften och baseras pÄ en berÀkningsmetodik (QM/MM) som kombinerar kvantmekanik och klassisk mekanik pÄ ett sÄdant sÀtt att proteiner bestÄende av tusentals atomer kan beskrivas med samma tillförlitlighet (och till samma kostnad vad gÀller erforderliga datorresurser!) som kvantmekanik beskriver smÄ molekyler. Det första syftet Àr att tillhandahÄlla en detaljerad beskrivning av den flerstegsmekanism varmed fytokromer övergÄr frÄn ett inaktivt till ett aktivt tillstÄnd nÀr de absorberar ljus, vilket Àr det absoluta nyckelsteget för att verkligen förstÄ hur fytokromer fungerar. Det andra syftet, av mer tillÀmpad natur, Àr att identifiera exakt hur fytokromer kan fÄs att fluorescera (utsöndra ljus) inom det nÀra-infraröda vÄglÀngdsomrÄdet, vilket Àr av stor betydelse för den biomedicinska anvÀndningen av protein-baserad fluorescensavbildning.

Protein-baserad fluorescensavbildning Ă€r en teknik som bygger pĂ„ proteiners förmĂ„ga att fluorescera efter att de blivit belysta och som gör det möjligt att visualisera biologiska och medicinska förlopp i levande celler. Denna teknik har revolutionerat livsvetenskaperna och belönades med 2008 Ă„rs Nobelpris i kemi. Det första proteinet som anvĂ€ndes för detta Ă€ndamĂ„l kallas för GFP och förekommer naturligt i maneter. Även om detta Grön-Fluorescerande-Protein numer kompletterats med biokemiskt modifierade varianter som kan utsöndra ljus av nĂ€stan alla vĂ„glĂ€ngder inom det synliga omrĂ„det, Ă€r det av stort intresse att utveckla nya fluorescerande proteiner som snarare utsöndrar nĂ€ra-infrarött ljus av lĂ€ngre vĂ„glĂ€ngd. Anledningen till detta Ă€r att nĂ€ra-infrarött ljus Ă€r mycket bĂ€ttre pĂ„ att penetrera mĂ€nsklig vĂ€vnad. DĂ€rigenom kan sĂ„dana proteiner anvĂ€ndas för att t.ex. lokalisera djupliggande tumörer, vilket inte alls Ă€r möjligt med GFP-liknande proteiner. Under de senaste Ă„ren har det visat sig att de mest lovande proteinerna att utgĂ„ frĂ„n i utvecklingen av nĂ€ra-infrarött-fluorescerande proteiner Ă€r just fytokromer. Den huvudsakliga stötestenen Ă€r dock att det Ă€r svĂ„rt att fĂ„ fytokromer att fluorescera starkt nog. I vĂ„r forskning undersöker vi dĂ€rför vilka strukturella proteinförĂ€ndringar som erfordras för att öka styrkan i fluorescensen hos fytokromer.

MolekylÀra egenskaper

Vi undersöker hur spektroskopiska egenskaper hos organiska och oorganiska kromoforer (ljusabsorberande molekyler) bidrar med kemisk funktionalitet Ät de biologiska system (ofta proteiner) i vilka kromoforerna förekommer. De kemiska funktionaliteterna av intresse inkluderar bl.a. fÀrg och förmÄga att utföra kemiska reaktioner. Som exempel pÄ denna forskning har vi nyligen lyckats lösa ett klassiskt problem i biologi rörande humrars mörkblÄ fÀrg. NÀrmare bestÀmt sÄ har vi förklarat hur humrar med hjÀlp av ett distinkt rödorange pigment antar en ur kamouflagehÀnseende mer lÀmplig mörkblÄ fÀrg. Intressant nog kan lösningen pÄ detta problem Àven anvÀndas för att förklara varför humrar skiftar fÀrg frÄn mörkblÄtt till orangerött nÀr de kokas!

Publikationer

2025

Thillaiarasi Sukumar, Durga Sravanakumar Perumalla, Kamatham Narayanaswamy, Bo Durbeej, Baswanth Oruganti (2025) New Journal of Chemistry (Artikel, forskningsöversikt)
Jun Wang, Thillaiarasi Sukumar, Durga Sravanakumar Perumalla, Baswanth Oruganti, Bo Durbeej (2025) ChemPhotoChem (Artikel i tidskrift)
Enrique Manuel Arpa Gonzalez, Sven Stafström, Bo Durbeej (2025) Journal of Organic Chemistry (Artikel i tidskrift)

2024

Jun Wang, Yuting Huang, Yajing Wang, Bo Durbeej, Lluis Blancafort (2024) Molecules, Vol. 29, Artikel 5348 (Artikel i tidskrift)
Enrique Manuel Arpa González, Sven Stafström, Bo Durbeej (2024) Physical Chemistry, Chemical Physics - PCCP, Vol. 26, s. 11295-11305 (Artikel i tidskrift)
T. Thillaiarasi, Durga Sravanakumar Perumalla, Baswanth Oruganti, Bo Durbeej (2024) ChemPhotoChem, Vol. 8, Artikel e202300225 (Artikel i tidskrift)
Enrique Manuel Arpa González, Sven Stafström, Bo Durbeej (2024) Chemistry - A European Journal, Vol. 30, Artikel e202303191 (Artikel i tidskrift)

2023

Peter Pal Kalapos, Attila Kunfi, Marcell M. Bogner, Tamas Holczbauer, Michal Andrzej Kochman, Bo Durbeej, Gabor London (2023) Journal of Organic Chemistry, Vol. 89, s. 16-26 (Artikel i tidskrift)
Henrik Ottosson, Bo Durbeej, Miquel Sola (2023) Journal of Physical Organic Chemistry, Vol. 36, Artikel e4468 (Artikel i tidskrift)
Javier Corpas, Miguel Gomez-Mendoza, Enrique Manuel Arpa Gonzalez, Victor A. de la Pena OShea, Bo Durbeej, Juan C. Carretero, Pablo Mauleon, Ramon Gomez Arrayas (2023) ACS Catalysis, Vol. 13, s. 14914-14927 (Artikel i tidskrift)

Kontakt

Medlemmar

Organisation