91ÊÓÆµ

bjofo78

Björn Forsberg

Biträdande universitetslektor

Strutkturell bioinformatik studerar biologi genom data. Vi utvecklar och använder nya metoder för att studera reconstruktioner och data från kryo-elektronmikroskopi för att förstå biologi på molekylär skala. 

Om forskningen

I gruppen använder vi estimat av lokal korrelation i 2D-bilder och 3D-volymer för att upskatta variation i ensemble-data. Vi tillämpar detta direkt på kryo-EM data för att tillskriva det till biologiska mekanismer, och beskriva molekylär biologi bättre än vad som var möjligt tidigare.

V-ATPase fä°ùgad efter heterogenitet.
Strukturbiologi ³óÂáä±ô±è±ð°ù oss att ´Úö°ù²õ³ÙÃ¥ hur livet fungerar ±èÃ¥ ³¾´Ç±ô±ð°ì²â±ôä°ù ²Ô¾±±¹Ã¥. Den ²µÃ¶°ù detta genom att visa oss den tredimensionella formen och funktionen hos ²õ³¾Ã¥ biologiska ³¾´Ç±ô±ð°ì²â±ôä°ùa maskiner som t ex proteiner och DNA. Denna kunskap ä°ù av²µÃ¶°ùande ´Úö°ù att ´Úö°ù²õ³ÙÃ¥ hur ±¹Ã¥°ù²¹ kroppar fungerar och ´Úö°ù att skapa nya mediciner. Ett av de viktigaste verktygen inom strukturbiologi kallas kryo-elektronmikroskopi (kryo-EM), och ²¹²Ô±¹Ã¤²Ô»å±ð°ù kraftfulla datorer ´Úö°ù att skapa 3D-modeller av molekyler. Kryo-EM kan nu ´Ç³¦°ì²õÃ¥ se protein innuti celler. Detta innebä°ù att forskare kan studera hur celler fungerar i mycket ²õ³Ùö°ù°ù±ð detalj, hur proteiner fungerar och hur celler reagerar ±èÃ¥ t ex virus och bakterier. Detta kan kraftigt ´Úö°ùbättra ±¹Ã¥°ù ´Úö°ù²õ³ÙÃ¥else av biologi och ³óÂáä±ô±è²¹ oss att utveckla ²úä³Ù³Ù°ù±ð ±ôä°ì±ð³¾±ð»å±ð±ô. För att kryo-EM ska kunna genom´Úö°ùa allt ²õ³Ùö°ù°ù±ð och mer djuplodade ³Ü²Ô»å±ð°ù²õö°ì²Ô¾±²Ô²µ²¹°ù ²ú±ð³óö±¹²õ dock nya ²ú±ð°ùä°ì²Ô¾±²Ô²µ²õ±¹±ð°ù°ì³Ù²â²µ som ²úä³Ù³Ù°ù±ð ´Úö°ù²õ³ÙÃ¥r sig ±èÃ¥ de stora ³¾Ã¤²Ô²µ»å±ð°ù data som matas in, och kan genom´Úö°ùa snabbare och mer systematiska ³Ü²Ô»å±ð°ù²õö°ì²Ô¾±²Ô²µ²¹°ù. I ´Úö°ùlängningen kan detta skapa ny diagnosmetoder som kan se hur kroppen ±ôä°ì±ð°ù och Ã¥³Ù±ð°ù²ú¾±±ô»å²¹°ù efter skador eller icke-genetiska sjukdomar som t ex Alzheimers, som faktiskt redan studeras med ³óÂáä±ô±è av kryo-EM genom att se hur molekyler ´ÚÃ¥³Ù³Ù fel form i ±¹Ã¤±¹²Ô²¹»å tagen ´Ú°ùÃ¥²Ô patienter.

Nyheter

Lediga tjänster

Vi söker aktivt efter nya medarbetare 

Doktorandstudier

Vi söker alltid motiverade studenter som vill bedriva och publicera forskning med global relevans, och bygga sin självständighet inom beräkningsbaserad forskning. Om din bakgrund är inom beräkningsbaserad biologi, datorvetenskap, matematik, teknik eller likandne så är du välkommen att skicka en intresseanmälan. 

Du får också gärna ta kontakt vid frågor om forkarstudier inom applicerad strukturbiolgi, beroende på din bakgrund kan du vara högintressant för oss eller någon av våra samarbetspartners.

Klicka här för att ta kontakt med oss.

Postdoktorer

Kryo-EM utvecklas snabbt för att använda maskininlärning och datorseende. Vi kommer bidra till ett nytt och modernt ramverk för kryo-EM-bearbetning och har löpande intresse för disputerade forskare med engagemang för data-driven biologisk forskning inom flera områden, även om din bakgrund inte är inom strukturbiologi. 

Klicka här för att anmäla ditt intresse.

Masterprojekt

Masterstudenter som är intresserade av biologiska tillämpningar av statistiska modeller, maskininlärning, molekylär struktur, bioinformatik eller mikroskopi uppmuntras att fråga direkt om examensprojekt. Bifoga kort CV och motivering

Maila in din intresseanmälan här

Kollegor

Publikationer

Utvalda publikationer

Omslag ´Úö°ù publikation ''
Björn O. Forsberg, Pranav N. M. Shah, Alister Burt (2023)

Nature Communications , Vol.14

Omslag ´Úö°ù publikation ''
Jasenko Zivanov, Takanori Nakane, Björn O. Forsberg, Dari Kimanius, Wim JH Hagen, Erik Lindahl, Sjors HW Scheres (2018)

eLIFE , Vol.7

Omslag ´Úö°ù publikation ''
Dari Kimanius, Björn O. Forsberg, Sjors HW Scheres, Erik Lindahl (2016)

eLIFE , Vol.5

Senaste publikationer

2023

Björn O. Forsberg, Pranav N. M. Shah, Alister Burt (2023) Nature Communications, Vol. 14, Artikel 5802 (Artikel i tidskrift)

2022

Björn O. Forsberg (2022) bioRxiv (Artikel i tidskrift)

2021

UrÅ¡ka RovÅ¡nik, Yuxuan Zhuang, Björn O. Forsberg, Marta Carroni, Linnea Yvonnesdotter, Rebecca J Howard, Erik Lindahl (2021) Life Science Alliance, Vol. 4 (Artikel i tidskrift)

2020

Björn O. Forsberg, S. Aibara, R. J. Howard, N. Mortezaei, E. Lindahl (2020) Nature Communications, Vol. 11, Artikel 4667 (Artikel i tidskrift)

2018

Annemarie Perez Boerema, Shintaro Aibara, Bijoya Paul, Victor Tobiasson, Dari Kimanius, Björn O. Forsberg, Karin Wallden, Erik Lindahl, A. Amunts (2018) Nature Plants, Vol. 4, s. 212-217 (Artikel i tidskrift)

Organisation