91ÊÓÆ”

16 april 2024

Känslig data som exempelvis patientbilder på hjärntumörer får inte delas hur som helst. Det gör utveckling av maskininlärningsmodeller för medicinsk bildanalys problematisk. Med ny teknik visar LiU-forskare hur sådana modeller kan tränas utan att dela känslig information utanför sjukhusen.

Infografik som med illustrationer visar hur lokala uppdateringar frÄn sjukhusen skickas till ett moln som skickar ny global modell till sjukhus. Den trÀnade modellen ger personlig sjukvÄrd till patienten.
Infografik som visar hur AI-modeller tränas med federerad inlärning. På sjukhusen tränas modellen lokalt. I realtid kombinerar forskare de lokalt tränade modellerna till en gemensam så kallad global modell. Metoden gör att medicinska datan varje modell är tränad på inte delas utanför sjukhuset. Bilden är skapad av Sara Läthén.

Att utveckla AI för tillÀmpningar inom vÄrden, exempelvis inom medicinsk bildanalys, kan spara tid i sjukvÄrden. Men det finns flera utmaningar. Datadriven AI, det vill sÀga storskaliga maskininlÀrningsmodeller, behöver en stor mÀngd medicinsk data att trÀna pÄ. För att exempelvis trÀna modeller att automatiskt analysera magnetkamerabilder pÄ hjÀrntumörpatienter, behövs vÀldigt mÄnga sÄdana bilder. Men att dela medicinska bilder kompliceras av etik, anonymisering och dataskyddslagstiftning.

Att kombinera medicinsk information frÄn flera sjukhus ger större mÀngd medicinska data. Genom att varje sjukhus var för sig trÀnar en AI-modell lokalt behöver inte den kÀnsliga informationen skickas utanför sjukhuset. I ett europeiskt forskningsprojekt kombinerar forskare i realtid lokalt trÀnade modeller till en gemensam sÄ kallad global modell pÄ en server i en annan stad. PÄ sÄ sÀtt behöver de inte skicka den medicinska data varje lokal modell Àr trÀnad pÄ. Tekniken kallas federerad inlÀrning. Forskarna har nu genomfört federerad inlÀrning mellan Linköpings universitet och StrÄlbehandlingen vid SkÄnes universitetssjukhus i Lund.

PortrÀtt pÄ forskare
Anders Eklund, bitrĂ€dande professor vid Institutionen för medicinsk teknik (IMT) och Institutionen för datavetenskap (IDA) driver tillsammans med bitrĂ€dande professor Evren Özarslan vid IMT en del av det europeiska samarbetsprojektet ASSIST. Forskarna utvecklar bland annat teknik för att kunna trĂ€na modeller med kĂ€nslig information som inte fĂ„r delas.

Först i Sverige

– Vi tror att vi Ă€r bland de första i Sverige med att göra federerad inlĂ€rning med medicinska bilder. Vi kommer snart att lĂ€gga till flera stĂ€der, nĂ€rmast pĂ„ tur Ă€r UmeĂ„, sĂ€ger Anders Eklund, bitrĂ€dande professor vid Institutionen för medicinsk teknik (IMT) och Institutionen för datavetenskap (IDA).

Superdatorn Berzelius.
Till simuleringarna med det öppna datasetet BraTS har projektet haft stor hjÀlp av superdatorn Berzelius pÄ Nationellt superdatorcentrum (NSC) vid Linköpings universitet, en av vÀrldens snabbaste datorer. Fotograf: Thor Balkhed

En utmaning kvar att lösa Àr att bilderna kan skilja sig mellan sjukhusen pÄ grund av olika utrustning och kameror. Sjukhusen kan ocksÄ ha olika kliniska riktlinjer för hur onkologer, det vill sÀga cancerlÀkare, ska rita tumörer och hantera kringliggande organ, sÄ kallade riskorgan. Anders Eklund Àr förhoppningsfull att de kommer ta fram en lösning som kompenserar för det. I projektet har de dÀrför gjort simuleringar dÀr de anvÀnt sig av ett öppet dataset, det vill sÀga en öppen samling av data som kallas BraTS. BraTS innefattar bilder och utritade tumörer för hjÀrntumörpatienter frÄn mer Àn tjugo olika sjukhus, och har skapats just för att utveckla liknande modeller.

– Om exempelvis ett sjukhus skulle ha tio eller tjugo procent mindre storlek pĂ„ tumören i sina bilder som pĂ„verkar federationen negativt, sĂ„ kan vi förhoppningsvis utveckla metoder sĂ„ att det fungerar Ă€ndĂ„.

Fler tillÀmpningsomrÄden

Projektet involverar Àven företag och universitet i NederlÀnderna, Belgien och Turkiet. I NederlÀnderna utvecklar forskarna exempelvis liknande modeller för leverbilder.

– Med leverbilderna anvĂ€nds samma teknik men med annorlunda tillĂ€mpning. Det Ă€r vitsen, att lĂ€ra av varandra och anvĂ€nda samma teknik pĂ„ olika sĂ€tt.

Anders Eklund nÀmner ocksÄ att andra möjliga tillÀmpningsomrÄden med federerad inlÀrningsteknik skulle kunna vara genetik eller text i medicinska journaler, det vill sÀga sprÄkmodeller i vÄrden. Företag som har vÀldigt mycket data i olika stÀder och som inte vill lÀgga allt pÄ samma stÀlle skulle ocksÄ kunna anvÀnda sig av tekniken. LikasÄ företag som vill vara med i forskningsprojekt och som inte vill skicka sina data.

– Tekniken kan anvĂ€ndas till all typ av information som Ă€r kĂ€nslig pĂ„ olika sĂ€tt. AnvĂ€ndningen kommer mer och mer, annars skulle företagen inte vara med och satsa pĂ„ projektet.

Om projektet

ASSIST

Det europeiska forskningsprojektet heter ASSIST och finansieras av Vinnova och AIDA (Analytic Imaging Diagnostics Arena). Det Àr ocksÄ ett samarbete med flera företag. I Sverige ingÄr företagen Scaleout Systems, Inovia AI, RaySearch Laboratories, Spectronic Medical och Eigenvision.

I projektet samarbetar Ă€ven Linköpings universitet med Region Östergötland som har exporterat bilder frĂ„n Onkologiska klinikens strĂ„lbehandlingsavdelning. Det samarbetet underlĂ€ttas av CMIV, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, dĂ€r bland annat lĂ€kare och ingenjörer forskar tvĂ€rvetenskapligt.

Kontakt och mer information

Mer om artificiell intelligens vid LiU

Forskningsverksamhet

Senaste nytt från LiU

Helen Köpman och drottningen samtalar med huvuden tÀtt ihop

Från Kårallen till Europakommissionen

En bild på en glad ung kvinna i intimt samspråk med drottningen. Vem är kvinnan, vad pratar de om? Fler bilder dyker upp. Det tycks stå ”Kårhusgeneral Helen Köpman” på namnskylten.

Lisbeth HÀgg stÄr utanför ingÄng 23 pÄ Campus Valla.

46 år på LiU – Lisbeth har sett universitetet utvecklas

”Det var med skälvande ben jag gick upp för märkesbacken”, säger Lisbeth Hägg, och minns även rädslan över att inte hitta rätt den första dagen. Året var 1979 – Lisbeth gjorde entré på Linköpings universitet och har inte lämnat Campus Valla än.

Krånglande ryggar blir hjälpta av BättreRygg

De flesta ryggar protesterar åtminstone någon gång i livet. Ofta är rörelse bästa hjälpen. Därför har forskare och fysioterapeuter i vården utvecklat vårdprogrammet BättreRygg, som nu uppmärksammats internationellt.